Да, pdftex не принимает eps.
Я использовал inkscape для создания фигур, которые я включаю в документы .tex, которые затем обрабатываю с помощью pdflatex. И да, я установил размер страницы в inkscape, чтобы фигура подходила.
Вы также можете попробовать экспортировать в .eps из inkscape, а затем конвертировать в pdf с помощью инструмента "epstopdf".