Я только что перенес все свои сценарии на стороне клиента из Prototype / Scriptaculous в jQuery. В результате улучшается производительность (меньше кодирования + меньше занимаемая площадь), и приложение в целом выглядит намного богаче. Что-то действительно приятное в разработке jQuery.
Prototype - отличная библиотека, но я немного разочарован тем, что, как указала DNS, разработчики и сообщество, похоже, заснули.