«Игнорировать сопоставления» определенно не сработает по причине, указанной выше. Проблема возникает при переносе объектов, таких как представления и хранимые процедуры, которые используют предложения JOIN для текстовых полей, которые имеют различные параметры сортировки.
Если кто-то изменяет параметры сортировки по умолчанию на сервере, а столбец на другой стороне JOIN использует определенный параметр сортировки, вы вызвали эту проблему. И это произойдет в SQL Compare так же, как если бы вы просто вручную создавали сценарий для объекта в SSMS и перемещали его самостоятельно.
Существует два пути его исправления - вы можете указать в соединении предложение COLLATE и явно указать порядок сортировки, который вы хотите использовать, или изменить сопоставление по умолчанию для целевой базы данных в соответствии с источником.
Боюсь, что нет SQL. Сравните "magic bullet", чтобы решить эту проблему.