У меня была эта проблема раньше, когда в скрипте была огромная строка XML, которая использовалась с OpenXML. Фактический SQL был довольно минимальным, обновляя некоторые значения в таблице.
Я закончил тем, что вставил данные (порциями) во временную таблицу, пока вся информация, которая была в XML, не была сохранена. Затем я запустил свое заявление об обновлении.
Добавлено позже после публикации дополнительных данных:
Возможно, вы захотите выбрать большие куски в инструменте и сделать так, чтобы при сравнении данных SQL генерировались сценарии в кусках. Таким образом, вы получаете транзакции. Вы можете выбрать большие секции, просто выделив диапазон и нажав пробел.