Я обнаружил очень похожую ошибку при развертывании в WebSphere 6.1.В моем случае проблема заключалась в том, что я создал файл EAR вручную, и у меня было содержимое EAR в подпапке по ошибке.Разархивируйте EAR и убедитесь, что все конфигурационные файлы находятся на нужном уровне, т.е../META-INF/application.xml