Это нормально. Репозиторий (каталог .hg) содержит историю изменений, которую вы нажали. Рабочая копия все еще пуста.
Чтобы обновить вашу рабочую копию до версии из хранилища, вам нужно запустить команду «hg update» на вашем сервере (используйте аргумент «-C tip», чтобы показать последнюю версию). Это заставит файлы появиться в каталоге рядом с вашим каталогом .hg.
В большинстве случаев вам не нужно делать это на вашем сервере, если вы не реализуете процесс непрерывной интеграции / развертывания.