Я знаю, что Glassfish поддерживает полный профиль Java EE 6 начиная с версии 3, но какие еще серверы поддерживают?
Согласно http://en.wikipedia.org/wiki/Java_Platform,_Enterprise_Edition#Java_EE_6_certified на данный момент только Glassfish и коммерческая версия.
WebSphere должен быть в пути, и у вас есть больше возможностей, если вам нужен только веб-профиль.