Ну, это зависит от того, что вы подразумеваете под «лучшим». Сито Эратосфена очень легко реализовать, но Сито Аткина даст вам значительно лучшую производительность.
Так что, если «лучшее» означает простое в реализации и понимании, Эратосфен - путь. Если «лучший» означает, что вы хотите продемонстрировать свои навыки математика или имеете очень быстрый алгоритм, Аткин - это то, что вам нужно.