Модуль Cwd использует типы char *
для внутреннего использования и поэтому вообще не обрабатывает кодирование.Как правило, файловым системам не важно, какие символы или кодировки вы используете для имен файлов, если вы экранируете любые специальные символы (например, '/')
Если вы хотите сказать Perl, что путь к файлу указан в UTF-8, вы можете закодировать его:
use Encode qw(decode_utf8);
...
say decode_utf8(abs_path $file);