Можете ли вы обернуть это в MSI и развернуть как обязательное условие для приложения ClickOnce?
Вы не можете установить приложение с MSI, а затем использовать ClickOnce для его обновления - для начала его необходимо установить как приложение ClickOnce.
Возможно, вы сможете сжать развертывание ClickOnce, а затем разархивировать его по размеру клиента и установить из локальной папки. Если URL-адрес установки в манифесте правильный, я думаю, что это будет работать. Я не могу давать дальнейшие рекомендации по этому вопросу, поскольку мой опыт касается только развертывания ClickOnce.