Добавление опции -transparent white
решает проблему, в частности, в моем случае, поскольку фон удален не полностью (к сожалению, присутствует легкая тень). Поэтому я использую ИМХО более ясное решение, которое полностью удаляет фон с ImageMagic:
convert -channel rgba -background "rgba(0,0,0,0)" in.svg out.png
Устанавливает полностью прозрачный черный цвет в качестве фона через канал RGBA.