Doxygen позволяет установить несколько параметров, которые управляют внешним видом вывода.обычно они начинаются с HTML_.Для максимальной гибкости вы можете предоставить пользовательский HTML-код верхнего и нижнего колонтитула, а также собственную таблицу стилей CSS с помощью параметров HTML_HEADER, HTML_FOOTER и HTML_STYLESHEET.
Вы не можете много контролироватьструктура, используемая в основной части страницы, но вы можете сделать немало с таблицей стилей, и в качестве последнего средства вы всегда можете добавить некоторый javascript в заголовок, который манипулирует DOM, чтобы изменить порядок вещей.
Вы можете сгенерировать файлы верхнего колонтитула, нижнего колонтитула и таблицы стилей с аргументом -w;и все это достаточно хорошо задокументировано в файле конфигурации шаблона, сгенерированном с аргументом -g.