По умолчанию py2exe должен включать все ваши импорты в комплект, но если это не сработает, вы можете попробовать импортировать нужные вам модули. Вы можете сделать это в основном скрипте, который вы передаете py2exe:
в вашем основном скрипте:
if False:
import <module x>, <module y>, <module z>, <etc...>
Это должно заставить py2exe сразу увидеть модули и включить их в свой пакет.