Maven определяет отношение один к одному между pom.xml и двоичным файлом, который он создает. Другими словами, если вы хотите создать несколько jar-файлов, вам нужно несколько pom-файлов: pom на jar.
Итак, просто разделите ваш проект. Кстати, иногда это хорошая практика. Действительно, если одни ваши классы могут существовать без других, они не зависят от других и поэтому могут жить в другом проекте.
Проекты могут зависеть от других и могут быть иерархическими, то есть иметь родительский проект. Итак, вы можете создать родительский проект и несколько дочерних под него.