Уловка, которую я разработал, состояла в том, чтобы установить идентификатор на дорожке субтитров
<track id="subtitles" kind="subtitles" src="subtitles.srt" srclang="en" />
Тогда внутри любого события, которое вам нужно, вы можете использовать:
$('#subtitles').attr('src', 'different_subtitles.srt');
player.findTracks();
player.loadTrack(0);
player.setSrc('different_video.mp4');
Может быть большеэлегантный способ сделать это, и MediaElementJS действительно должен предоставить API для этого.Но тем временем этот трюк должен помочь вам.