Прочитайте, что такое Фрагментация
Все фрагменты размером менее 5 МБ считаются фрагментированными.
Не беспокойтесь о фрагментации (в APC), позаботьтесь только о размере разрешенной памяти. По моему опыту, APC работает более стабильно, когда имеет 20% + свободной памяти.