Вы не можете создавать произвольные ярлыки с ClickOnce. Единственный дополнительный параметр, который у вас есть, это «Создать ярлык на рабочем столе» в диалоговом окне «Публикация -> Параметры» в разделе «Манифесты».
Как и в случае, когда приложение создает ярлыки во время выполнения: я бы не стал этого делать, поскольку вы вносите изменения в систему, которая не включена в состав установочного пакета. Таким образом, при удалении приложения вы, вероятно, оставите потерянные файлы.