Нет, программа установки не указана в белом списке. Даже если бы это было, обновление - другой установщик. Итак, ответ на ваш вопрос: пользователям придется подтвердить повышение прав в приглашении UAC.
Примеры Firefox и Opera. Каждый раз, когда обновление готово к установке, программа обновления отображает приглашение UAC. Chrome, с другой стороны, обновляется без запроса UAC, просто потому, что он устанавливается в профиль пользователя, который не защищен от записи (я имею в виду, что текущий пользователь имеет полные права).
Firefox планирует внедрить сервис для облегчения процесса обновления. Служба работает под системными привилегиями, она может запускать программу обновления с системными привилегиями без согласия пользователя на повышение прав, поскольку она уже имеет полный доступ к системе. Так обновляется антивирусная программа. Обычно есть два процесса: служба и клиент, который отображает пользовательский интерфейс и взаимодействует с сервисом.
В случае MSI существуют системные политики. Например, вы можете включить политику, в соответствии с которой любая установка на основе установщика Windows будет выполняться с повышенными правами. Обычно патчи (незначительные обновления) запускаются с повышенными правами. Может существовать политика, которая контролирует основные обновления (когда старая версия удаляется, а затем устанавливается новая), но я не знаю об этом.