Очень сложно дать какой-либо осмысленный ответ, не зная почему вам не нравится clickonce.Лично я считаю, что хотя clickonce не подходит для всех развертываний, он очень хорош для многих - и во многих случаях он не принят, потому что разработчики не знают, как его настроить или получить от него максимум.
Если вы действительно не можете использовать clickonce, взгляните на проект Google omaha , который представляет собой аккуратное автообновление, которое уже установлено на любой машине Windows с Chrome.
И, наконец, если вы собираетесь накатывать свои собственные, я бы, вероятно, не предлагал хранить их на SQL Server, не проверив сначала, чтобы посмотреть, как это повлияет на ваши стратегии резервного копирования и репликации, по крайней мере.Я не очень понимаю, какое преимущество вы получите по сравнению с HTTP, UNC, FTP или подобным хранилищем.