Единственное, о чем я могу думать, это то, что некоторые из ваших плагинов не содержатся в вашей функции, но зависят от плагинов, включенных в эту функцию.
Например, Feature A v1.0.0.x содержит плагин 1 v1.0.0.x и плагин 1 зависит от плагина 2 без ограничений версии.
Если у вас есть A v1.0.0.x, 1 v1.0.0.x и 2 v1.0.0.xустановлен и обновите A до v1.1.0.x, 1 будет обновлен до v1.1.0.x, но 2 останется без изменений.
Итак, здесь нужно убедиться, что приустановить ваш продукт, все плагины, которые установлены, содержатся внутри функции.И когда вы выполняете обновление, все функции обновляются вместе.