Ответ на ваш прямой вопрос: нет, вы не можете скопировать все свои плагины EE в вашу версию Java для разработчиков.
Однако это, вероятно, не совсем то, о чем вы хотите спросить. В основном, редакция Java является подмножеством редакции EE. Смотрите сравнение здесь:
http://www.eclipse.org/downloads/compare.php
Если вам не требуется Window Builder или интеграция с Maven, вы можете использовать свою версию EE для простой разработки Java.
В противном случае вы можете легко установить любую недостающую функцию с сайтов обновлений Eclipse. Выберите «Справка» -> «Установить новое программное обеспечение» и выберите «Indigo» (я предполагаю, что вы работаете с Eclipse 3.7 (Indigo). Здесь вы можете выбрать любую функцию, которую хотите установить.
Важно понимать, что доступные пакеты - это просто удобные группы функций. Ничто не мешает вам установить (например) всю Java EE в редакции Java для разработчиков. Все доступно на сайте обновлений Indigo.