Есть два способа сделать это:
1) Добавление driver.jar в путь к классу основного модуля запуска и, как вы говорите, предоставление его пакетов через структуру путем указания этого свойства (или фактически вы можете использовать свойство FRAMEWORK_SYSTEMPACKAGES_EXTRA, чтобы просто указать дополнительные пакеты вместо указав все из них).
2) Ручная упаковка driver.jar в виде пакета или динамическое выполнение во время выполнения. Например, вы можете попробовать обернуть пакеты, которые копируются в определенную папку (аналогично тому, что делает Apache Felix File Install), используя Pax URL или другой инструмент, который может создать пакет из обычного jar-файла для вас (см. http://team.ops4j.org/wiki/display/paxurl/Pax+URL).