Вы можете создать новый репозиторий в своем репозитории m и поместить в него все свои файлы.mercurial игнорирует репозитории внутри репозиториев, если вы не включили их через расширение subrepo.
cd m
hg init local
cd local
echo "my stuff" > info.txt
cd ..
hg st
# does not show files in local
cd local
hg ci -A -m "first commit"
cd ..
hg log -l 2
# does not show commit in local
Лучшее решение, на мой взгляд, состоит в том, чтобы создать репозиторий, который живет помимо репозитория m.Это чище и сложнее все испортить.