clear()
отсоединяет все сущности, управляемые менеджером сущностей, поэтому $role
также отсоединяется, и попытка сохранить отсоединенную сущность создает новую сущность.
Вы должны получить роль снова после очистки:
$this->em->clear();
$role = $this->em->getRepository('userRole')->find(1);
Или просто создайте ссылку вместо:
$this->em->clear();
$role = $this->em->getReference('userRole', 1);