Я ждал, надеясь, что кто-то более знающий ответит ...
Я бы посмотрел файл .project для вашего испорченного проекта, сравнил его с правильным и взломалдо одного в зависимости от обстоятельств.Я хотел бы быть более конкретным.Я бы предположил , что проблема в разделе или файла.
Вы можете сначала создать резервную копию файла .project.Убедитесь, что проект не открыт в Eclipse, пока вы его редактируете.