Short:
Для целей модульного тестирования вам просто нужно отметить, что они разные. Модульные тесты не исправляют ошибочные юнит-тесты, программисты исправляют неудачные юнит-тесты.
Long:
Если ваши размеры последовательностей, возможно, различаются, то не существует простого, универсального способа их сравнения. Я думаю, что вам понадобится гигантский отклонитель, чтобы сделать это плохо, не говоря уже о том, чтобы адекватно.
Я думаю, что если вы не можете сказать, что порядковый номер не является тождеством, то вам придется использовать поиск, чтобы добавить информацию.
Рассмотрим этот дегенеративный случай:
a b c d e f
d e f a b c
Независимо от того, выберете ли вы одно из этих решений или нет, все зависит от оценки результатов или какого-либо артефакта реализации:
a b c d e f
d e f a b c
a b c d e f
d e f a b c
Мое мнение таково: если вам нужно присвоить результат баллу, маловероятно, что юнит-тест применим.
Сравнение контейнеров в общем не очень простое, если результат не может быть отсортирован по лексикографическому признаку, я не уверен, что какой-либо результат вычисления будет информативным, кроме как сказать вам, что он отличается.
Очевидно, что это забавная проблема, но, вероятно, она выходит за рамки модульного тестирования.