Я подозреваю, что у вас чрезмерные подключения к серверу базы данных, которые могут исчерпать ОЗУ вашего сервера. Это очень вероятно, если вы используете Apache в режиме pre-fork и PHP как модуль Apache с постоянными подключениями и используете тот же сервер для обслуживания изображений, CSS, JavaScript и другого статического содержимого.
Если дело обстоит именно так, можно перейти к перемещению статического контента на отдельный многопоточный веб-сервер, такой как lighttpd или ngynx. Это позволит избежать того, что Apache разветвляет слишком много процессов, в результате чего PHP устанавливает слишком много постоянных соединений, которые исчерпывают вашу оперативную память.