Справка в диалоге настроек гласит:
Создать метку по умолчанию для новых узлов: если установлено, для метки вновь создаваемых узлов используется последовательная нумерация. В противном случае метка вновь созданных узлов остается пустой.
По моему опыту (один день) автоматическая нумерация не имеет промежутка, поэтому yEd всегда использует количество узлов, которое у вас есть + 1, для метки нового узла. Кажется, нет способа «сбросить счет», но вы могли бы:
- Поместите (необязательно немаркированные) узлы на диаграмме и перенумеруйте их вручную
- Поместите узлы на диаграмму и измените сгенерированный XML
С первого взгляда XML кажется очень вменяемым, поэтому, если вам нужно изменить большое количество узлов, я рассмотрю это.