Лично я бы сохранял файл без сжатия и сжимал файл динамически по запросу.Например, ваш файл «CSS» может быть «myCss.php», то есть страницей php, которая будет сжимать файл (и, возможно, кэшировать его).
Таким образом, вам никогда не придется заниматься сжатием вашегоCSS-файлы, и Dreamweaver не имеет причин отображать их странным образом.