В какой-то момент в вашем коде или коде EE вы пытаетесь использовать класс с именем "Query". Этот класс не определен, поэтому PHP пытается использовать механизм автозагрузчика для загрузки класса Query.
Приведенный выше код указывает, что автозагрузка Magento пытается загрузить класс Query. Это терпит неудачу (поскольку класс не является классом Magento). Кроме того, кажется, что вы находитесь в режиме разработчика Magento, где все уведомления и предупреждения превращаются в исключения. Поскольку автозагрузка завершается с предупреждением, возникает фатальное исключение.
Итак, проблема может быть в двух вещах. Во-первых, кто-то пытается создать экземпляр несуществующего класса Query. Если это так, прекратите это делать.
Во-вторых, класс Query существует, но автозагрузчик EE никогда не имеет возможности загрузить его, потому что автозагрузка Magento пытается первой. Если это так, вам нужно вставить где-нибудь код, который переключает автозагрузчики, чтобы изменить их порядок. Вы также можете попробовать вручную включить класс Query, чтобы исправить этот конкретный экземпляр.