Полноэкранное представление «веб-приложения», которое использует iOS, дает меньше возможностей для игры (ram, ...), чем настоящее мобильное сафари.
Если вы объедините это с большим количеством javascript, работающим в фоновом режиме, вы получите задержки и мерцания страницы.
Я заметил, что у jQuery mobile много проблем с производительностью в этом полноэкранном режиме, особенно с так называемыми «фиксированными верхними и нижними колонтитулами» на старых устройствах iOS.
Попробуйте упростить используемый вами javascript и начните добавлять оттуда функциональные возможности.