Во-первых, если после создания ветки в транке будет зафиксировано больше изменений, то объедините эти изменения с вашей веткой (это называется rebase). Как только это будет сделано, вы можете реинтегрировать ветку в транк.
В противном случае, после повторного базирования ветки из ствола, вы также можете выполнить простую опцию слияния-ревизии («Слияние диапазона ревизий»).
Если внесенные вами изменения не так велики и изменений в стволе также очень мало, тогда вы также можете создать патч для вас изменений в ветви и затем применить их к стволу. Но я бы предложил сделать правильное слияние.