Главный вопрос: что вы собираетесь делать с этими данными?
Если вам просто нужно сохранить данные и файлы в порядке, лучше всего подойдет двоичная сериализация + сжатие (zlib, lzo ...).
CSV вам не поможет.. Вероятно, будет занимать больше, чем XML.
База данных (например, Sqlite) - это самые дорогие условия хранения, но вы можете легче управлять данными и искать их.