Blender 2.5x теперь поставляется в комплекте со своим собственным python, он не модифицирован, включен только для того, чтобы пользователям не приходилось сопоставлять свои системные версии python.
Если вы удалите этот python / directory, то блендер будет искать python в системе в соответствии с версией, с которой он был скомпилирован. (3.2, 3.3 и т. Д., Второстепенные выпуски взаимно совместимы).
Если вы хотите указать нестандартный путь python, вы можете установить переменную окружения PYTHONHOME - python документирует, как это работает (ничего специфического для blender).