Может быть, это связано с переименованием папки / каталога? Возможно, это только изменение регистра (например: Stuff
на stuff
)? Это может показаться большим количеством удалений в некоторых представлениях, но, конечно, фактически не обрабатывается таким образом.
Короче говоря, крайне маловероятно, что происходит то, на что похоже, происходит. Более подробно мы можем работать вместе, чтобы выяснить это, но если вы получили помощь в списке рассылки или IRC, пожалуйста, предоставьте продолжение здесь.