Хотя я не пробовал, у меня есть ощущение, что вы не сможете сделать это без некоторой степени пользовательского кодирования в конвейере.
Когда вы публикуете веб-сервис с помощью мастера, BizTalk берет используемые схемы и использует их в качестве типов для веб-сервиса, это имеет смысл почти во всех случаях, но не в вашем.
Однако, насколько мне известно, нет хорошего способа принимать и EDI-сообщения через SOAP; Вы могли бы создать свой веб-сервис, чтобы принимать строковое сообщение и чтобы клиент «знал», что это должен быть X12, но нет способа описать это в WSDL.
Однако, если вы сделаете это, вы получите сообщение X12 в конвейер, завернутое в элемент (или что-то подобное, в зависимости от того, как вы изменили свой веб-сервис), прежде чем вы попадете в дизассемблер и для оркестровки у вас должен быть некоторый код, чтобы удалить его, но это должно быть относительно легко написать.