У меня была та же проблема: мой make-файл работал нормально, но я получал ошибки, подобные вашей, из представления Eclipse CDT.
Я закрыл текущий проект, я открыл новый «Makefile проект с существующим кодом», указав правильное местоположение источника моего проекта. После этого я проверил, что:
щелчок правой кнопкой мыши по проекту / C ++ general / Пути и символы / Gnu C ++ / include-каталоги не пусты и содержат правильные пути моего проекта.
Затем я перестроил индекс (щелкнув правой кнопкой мыши / index / rebuild).
Кроме того, я использую Eclipse CDT 7, а не Eclipse CDT 8, потому что CDT8 иногда выдает мне ошибки компиляции из графического интерфейса, которые я не могу устранить, даже если с make-файлом все в порядке.