Я думаю, что Melv прав: лучше хранить конфиги в домашнем каталоге и предоставлять возможность их изменять, но если кому-то нужно добавить что-то в classpath - вы можете просто добавить следующий код в <configuration><archive>
.
<manifestEntries>
<Class-Path>config/</Class-Path>
<mode>development</mode>
<url>${pom.url}</url>
</manifestEntries>
Если вы объявите <addClasspath>true</addClasspath>
, то также будут добавлены пути к классам зависимостей.