Фон
Я спросил в комментариях вопроса, редактировали ли пользователи вручную файл app.config на своем компьютере после развертывания. Оригинальный плакат ответил, что они это делают.
Ответ
Похоже, что автор хочет, чтобы ClickOnce первоначально развернул файл app.config, а затем не развернул его с будущими обновлениями приложения. Это неправильное использование ClickOnce. Я не думаю, что есть простой способ сделать это, и даже если бы он был, я бы посоветовал против этого. Что если в будущем вы захотите добавить новый параметр в свой файл app.config? Как пользователи получат этот новый параметр, если app.config больше не обновляется на их компьютере?
Вместо этого я бы сохранил строки подключения как UserSettings. Это именно то, для чего были сделаны пользовательские настройки, вещи, которые варьируются от пользователя к пользователю. Кроме того, я бы, вероятно, предоставил им простую форму для редактирования этих настроек. Это заставило бы меня нервничать, когда все мои пользователи копались в своих установочных файлах.