Запустите их как двухэтапный процесс с вашим скриптом «автозапуска», вызывающим второй скрипт в новом терминале, например,
gnome-terminal -e top --title Testing
Запустит программу "top" в новом окне терминала gnome с заголовком "Testing". Вы можете добавить дополнительные аргументы, такие как установка геометрии, чтобы определить размер и расположение окна. терминал и справочная страница "X" для более подробной информации