Это два разных решения двух разных проблем. Прозрачность CSS (я предполагаю, что вы имеете в виду свойство opacity) сделает весь элемент (его границы, фон и содержимое) прозрачным, тогда как прозрачность альфа PNG полезна только в ситуациях, когда вы используете изображения, например, фон элемента .
Я не могу придумать много ситуаций, когда вы могли бы использовать любой из них с одинаковым эффектом.
В CSS3 есть, конечно, цвета RGBA, однако поддержка браузера в настоящее время слишком мала, чтобы его можно было использовать в общедоступных сайтах / приложениях.
P.S. Я не могу сказать, что столкнулся с какими-либо проблемами с производительностью FF3 alpha PNG.
Продолжение комментария:
OK. В этом случае я бы выбрал свойство непрозрачности CSS.
Хотя производительность фильтров может быть неоптимальной в IE6, это означает, что вам не нужно тратить полосу пропускания и дополнительный HTTP-запрос на изображение. Кроме того, если вы хотите, чтобы изображение работало и в IE6, вам нужно использовать AlphaImageLoader, который, я уверен, будет таким же медленным (если не медленнее), чем альфа-фильтр.