Это правильное поведение .
В WCF метаданные службы по умолчанию обслуживаются по базовому адресу службы.
Если вы размещаете свою службу впользовательский процесс, вы можете настроить URL базового адреса или даже добавить новые, используя baseAddresses раздел конфигурации .Если вы размещаете службу в IIS, что, как вам кажется, то базовым адресом всегда является URL-адрес файла .svc
.
EDIT: Если вы хотите дваполностью разделив конечные точки, вам придется создать две реализации сервиса , по одной для каждого контракта, и сконфигурировать их с различными элементами в вашем файле конфигурации.Пока конечные точки являются частью одной и той же службы, вы сможете получать метаданные только с базового адреса службы, который в вашем случае является URL-адресом файла .svc.