У меня возникла та же проблема с PyCharm, не распознавшим мою установку iPython. Я использую EPD 7.2.2 на OS X 10.7.3 с PyCharm 2.0.1 и использую virtualenvwrapper.
Обходной путь, который мне помог, состоял в том, чтобы переустановить iPython после создания моего virtualenv.
Попробуйте запустить это:
workon <myvirtualenv>
pip install --upgrade git+git://github.com/ipython/ipython.git
Затем добавьте ваш каталог как «Интерпретатор Python» в PyCharm и установите для «Интерпретатор проекта» значение.
Любопытно узнать, работает ли это и на вас.
Приветствия
Нолан