ipython не знает, что такое virtualenv.В Интернете есть несколько примеров того, как заставить ipython понимать virtualenvs: например, здесь и здесь .Тем не менее, вам может потребоваться немного больше манипулировать средой, чем в этих примерах, чтобы удалить глобальные каталоги (dir) пакетов сайта из пути ipython.