На случай, если кто-то еще наткнется на эту проблему:
Похоже, есть возможность сделать это в 2008 году; это не было очевидно для меня, потому что база данных была обновлена с 2005 года, где я не верю, что это был вариант.
Первое, что вам нужно сделать, это установить уровень совместимости до 2008 года:
ALTER DATABASE [MyDatabase] SET COMPATIBILITY_LEVEL = 100
Затем, при создании полнотекстового индекса с помощью мастера, есть шаг, позволяющий игнорировать стоп-слова для индекса
edit: Вот скрипт для этого:
ALTER FULLTEXT INDEX ON MyTable SET STOPLIST = OFF