Есть ли в словах кавычки или нет, они разделены запятой или строкой?
Котировки не нужны. Глядя на не очень читаемый источник (ft_parser, ft_simple_get_word), кажется, что любой несловарный символ заканчивает слово, поэтому вы можете использовать запятые, пробелы или переводы строк по вкусу.
ft_parser
ft_simple_get_word
Если вы используете ft_stopword_file , я считаю, что он просто не заключен в кавычки с одним словом в строке файла.
Как вы, вероятно, знаете, вы можете просмотреть скомпилированный по умолчанию набор с помощью Полнотекстовых стоп-слов справочной страницы.