У нас есть файлы, которые должны быть исполняемыми и успешно исполняемыми в git, но затем редактирование и фиксация файла из Eclipse в Windows приводит к изменению режима файла для удаления исполняемости.
Это происходит независимо от того, установлен ли для core.filemode значение true или false.