Первое правило криптографии: никогда ничего не изобретай сам! Если у вас нет докторской степени и многолетнего опыта, вы будете в конечном итоге создавать зияющие дыры в безопасности. На самом деле история показывает, что даже люди с доктором наук и многолетним опытом часто делают ошибки безопасности. Конечно, вы можете сделать это для удовольствия и получения образовательного опыта, но, пожалуйста, никогда не рассматривайте возможность внедрения чего-либо из этого в производство. Извините за то, что я так негативен, но это реальность (и, кстати, я тоже человек, который никогда не должен сам изобретать что-либо, связанное с криптографией).
Когда дело доходит до реализации чего-то, изобретенного истинным экспертом по безопасности (и общепризнанным как защищенного), все еще есть много ловушек, в которых можно попасть, в частности атаки по побочным каналам. Но, опять же, реализовать это для удовольствия и обучения, конечно, хорошо.
Что касается конкретно DES, содержимое S-блоков является частью самого алгоритма и может не быть изменено без потери совместимости со всеми другими данными, зашифрованными DES.