JOGL - это оболочка для API OpenGL. Это очень низкий уровень. JOGL не имеет дело с 3D-моделями, он просто имеет дело с такими вещами, как вершины и треугольники. Это зависит от вас, чтобы организовать эти вещи в 3D-модели - другими словами, если вы используете JOGL, вам придется самостоятельно программировать управление полными моделями.
Итак, чтобы использовать 3D-модель из Maya или любой другой инструмент 3D-моделирования в вашей программе JOGL, вам нужно будет создать классы для хранения информации о модели самостоятельно, и вам нужно будет написать некоторый код (или использовать другая библиотека) для загрузки модели из файла.