В Windows Vista и 7 есть папка c: \ ProgramData, которая используется именно для этого - для размещения данных, специфичных для всей программы. Вам нужны повышенные разрешения для его использования, поэтому я не знаю, можете ли вы получить к нему доступ из приложения, установленного ClickOnce.
Однако мой опыт работы с ClickOnce заключается в том, что для чего-то большего, чем самые простые приложения, вам лучше создать полноценную установку.